İstanbul Medeniyet Üniversitesi (İMÜ) BİLTAM Laboratuvarı ve TÜBİTAK-MAM Gen Mühendisliği Enstitüsü’nden 7 bilim beşerinin yaklaşık 2 ay süren çalışması sonucu, İstanbul’daki hastalardan alınan Covid-19 virüsünün genetik haritası çıkarıldı.
İMÜ Tıp Fakültesi Tedrisat Üyesi ve Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Sadrettin Pençe’nin yürüttüğü çalışmada, virüsün genom mutasyonlarının izlenmesi, mutasyonlara karşı tanı testlerinin performansının revize edilmesi ve aşı ya da ilaç geliştirilmesi üzere bahislere bakılacak.
AVRUPA KÖKENLİ OLDUĞUNU BULDUK
Çalışmanın birinci sonuçlarına nazaran İstanbul’daki hastalardan izole edilerek genetik haritası çıkarılan virüs, Avrupa kaynaklı. Prof. Dr. Pençe, “Çalışma Mart ayında başladı. Geçtiğimiz ay birinci aşamasını tamamladık. 4 hastadan aldığımız virüsün genetik dizilemesini yaparak National Center for Biotechnology Information (NCBI) gen bankasına yükledik. Salgın başladığından beri tüm yerküreden sonuçlar yükleniyor ve karşılıklı malumat alışverişinde bulunuluyor. Ülkelerarası mutasyon farkı olup olmadığı tespit ediliyor. Şimdiye dek yüklenmiş tüm gen haritaları ile memleketimizdeki Koronavirüs’ü karşılaştırdık ve virüslerin Avrupa kökenli olduğunu bulduk” dedi.
“YALANCI NEGATİF SONUÇLARIN ÖNÜNE GEÇEMEYİZ”
Prof. Dr. Pençe, İstanbul’daki hastalardan elde edilen virüslerdeki mutasyonun, hastalık yapma şiddetine rastgele bir tesirinin olmadığını anlatarak “Bu fark şu açıdan kıymetli. Üretilecek yeni PCR testleri bu mutasyonlara nazaran revize edilmeli. Aksi taktirde yalancı negatif sonuçların önüne geçemeyiz ve bu da zincir formunda tedaviyi, velev filyasyonu, binaenaleyh salgınla mücadeleyi olumsuz etkileyebilir. Ayrıyeten, yalnızca memleket ya da kesimler arası değil; şehirlerarası bile virüs farklılık gösterebiliyor. Örneğin İstanbul’daki virüs ile Kayseri’de de bir çalışma var; oradaki virüs tıpkı değil. Örneğin Van’da da muhtemelen farklı bir mutasyon serisi olacaktır. Bizim bununla ilgili de bir girişim çalışmamız var yeniden TÜBİTAK ile birlikte. Bütün Türkiye’yi kapsayan bir Koronavirüs genom haritası çıkaracağız” diye konuştu.
“ŞAYET TANI KİTİ BU, N GENİ ÜZERİNDEN ÇALIŞIYORSA, TÜRKİYE’DE HAKIKAT SONUÇ ALAMAZSINIZ ”
Prof. Dr. Pençe, “Zaten şu anda binlerce mutasyon var. Bunun fonksiyonel tahlilini yapmak gerekiyor. Bu da illetin şiddetinde rastgele bir değişikliğe neden olup olmadığını tespit etmek manasına geliyor. Virüs genomundaki bu farklı dizilim marazın kliniğini etkilemese de bu dizilimi kullanan tanı kitlerinin sonuçlarını tesirler. Münasebetiyle değişik ortamlardaki hastalardan alınan virüs nizamlı aralıklarla taranmalı ve PCR testleri de belirlenen bu mutasyonlara nazaran yine düzenlenmeli. Covid-19’da iki tanı aracı var. Biri antijen-antikor tanı kitleri, gayrısı de genetik tabanlı tanı kitleri, yani PCR testleri. Bizim tespitlerimizde, N geninde mutasyon bulduk. Şayet tanı kiti bu, N geni üzerinden çalışıyorsa, Türkiye’de yanlışsız sonuç alamazsınız demek olur” dedi.
“YANLIŞ PCR SONUCU SALGINLA MÜCADELEYİ TOPTAN ETKİLEYEBİLİR”
PCR testlerinin yanlış sonuç verebilmesinin, tüm yerkürede tartışılan bir husus olduğuna değinen Prof. Dr. Pençe şunları vurguladı:
“Bakıyorsunuz hasta ön tanı olarak Kovid müspet, hastanede tedavi görüyor lakin PCR testi negatif çıkıyor. Çin, İngiltere, İtalya, Almanya, ABD, yerkürenin her noktasından pekçok makale var bununla ilgili. Nedenleri hala tartışılıyor. Nedenler arasında dört etken konuşuluyor; makul sürüntü alınmıyor, sürüntü müsait halde taşınmıyor, RNA izolasyonu münâsib yapılmıyor yahut bu testler emin ellerde çalışılmıyor. Biz bu çalışmamız ile bunlara beşincisini ekliyoruz ve diyoruz ki PCR tanı kitleri virüsteki bu mutasyonlara nazaran nizamlı olarak revize edilmezse, olumlu bir hastanın sonucu negatif çıkabilir. Bunun için de birkaç ayda bir, nizamlı bir halde virüsün genetik diziliminin yapılması lazım. Velev devletimizin çeşitli nahiyelerinden, örneğin İstanbul’dan, Erzurum’dan, Gaziantep’ten, Koronavirüs genleri dizilenip oradan çıkacak mutasyonlar dikkate alınarak PCR kitleri dizayn edilmeli.”
“D614G MUTASYONU TÜRKİYE’DEKİ VİRÜSÜ DAHA ÖLÜMCÜL YAPMADI”
Çalışmanın bir öteki aşamasının da illetin neden herkeste farklı tesir gösterdiğinin tespit edilmesi olduğunun altını çizen Prof. Dr. Sadrettin Pençe, laflarını şöyle tamamladı:
“Koronavirüs niye bir kısım kişide semptom oluşturuyor, bir kısım kişisi entübe ettiriyor, bir kısım kişisi ağır bakımda yatırıyor, bir kısım kişide da hiç semptom oluşturmuyor? Bunun yanıtını aramak istiyoruz. Yeniden bu günlerde yerküre gündeminde de tartışılan bahislerden biri de D614g mutasyonu. Amerika ve Avrupa’da bu mutasyonun görüldüğü memleketlerde marazın daha ölümcül seyrettiği tarafında tartışmalar var. Lakin bu da tam olarak doğruyu yansıtmıyor zira sayısal biyoloji kullanılarak yapılan bir modelleme çalışmasının sonucu bu. Bu genetik dizilim yeni ortaya çıkmış değil. Birinci makale 26 Ocak’ta yayınlandı. Daha sonra da birçok çalışmada bu mutasyon görüldü. Fakat bu son tartışmalar, yeni bir makalede bu mutasyonun, virüsün virulansında (hastalık şiddeti) artmaya neden olduğunu söylüyorlar. Meğer biz de tıpkı dizilimi tespit ettik. İzlediğimiz 4 hastanın virüsünde de bu mutasyonlar mevcuttu. Ancak hastalık yapma şiddetinde rastgele bir değişiklik olmadığını gördük. Mutasyon tek başına bir şey tabir etmez, bir mutasyonun fonksiyonel tahlili kıymetlidir. Bu da klinikteki sonuçlarını tespit etmek mealine gelir. Biz evvel fonksiyonel modelleme yapıyoruz daha sonra klinik sonuçlarıyla bunu karşılaştırıyoruz. Bizim karşılaştırmamızda bu türlü bir tesir yok.”
Cumhuriyet